Uma única espécie interagindo leva à evolução paralela generalizada do genoma do esgana-dor atual biologia artrite reumatóide coceira

Uma análise de componentes principais (PCA) de todos os SNPs nucleares, excluindo aqueles no cromossomo sexual, revelou que a presença ou ausência de escápulas é o fator predominante na artrite e reumatismo que organiza a variação do genoma do esgana-gata. O primeiro componente genômico principal (gPC1) explicou 11,6% da variação do SNP em toda a extensão genômica do tratamento ayurvédico artrite reumatóide baba ramdev e stickleback separado dos dois tipos de lago com ligeira sobreposição (Figura 2A; F 1,15 = 22,5, p < 2,6e-4; lagos com sculpin = 412,1 ± 120,6; lagos sem sculpin = −366,3 ± 108,7). O segundo componente genômico principal (gPC2) foi responsável por 7,8% da variação do SNP e foi associado à posição geográfica dos lagos (Figura 1B). Os dois tipos de lagos se sobrepunham amplamente no gPC2, e suas médias eram artrite da cavidade ocular não significativamente diferentes (F 1,15 = 0,15, p = 0,71; lagos com sculpin = 42,8 ± 191,5; lagos sem tratamento de artrose de faceta sculpin = −38,1 ± 105).

Encontramos uma fraca autocorrelação espacial em gPC1 (I de Moran: I = 0,08, p = 0,08) mas uma autocorrelação espacial significativa em gPC2 (I de Moran: I = -0,141 p = 0,02) (Figura S2). Nós testamos novamente a diferença entre os tipos de lagos no gPC1 após controlar os efeitos espaciais usando uma análise de mapa de autovetor de Moran baseado na distância (dbMEM) e novamente encontramos uma associação significativa (F 4,12 = 9,2, p = 0,001). No geral, concluímos que a presença ou ausência de sculpin teve uma grande osteoartrite no efeito geral sobre a variação genômica em stickleback, mais do que na geografia nesta amostra de populações.

Coletamos amostras de água dos dezessete lagos de água doce para testar as diferenças sistemáticas na química da água entre os lagos sculpin e os não-sculpin. As amostras de água foram armazenadas a 4 ° C durante vários meses antes do teste. As concentrações de sódio (Na) e cálcio (Ca) foram avaliadas pela média de duas medições independentes por amostra de água do lago usando arcos de artrite na espectroscopia de absorção atômica com chama de dedos (modelo de máquina: Spectra AA-220FS, Varian Inc.). Nas mesmas amostras, medimos o Fósforo Reactivo Solúvel (SRP) com um espectrofotómetro (modelo de máquina: SpectraMAX 340pc, Marshall Scientific) e pH. Leituras de amostras de água tomadas em diferentes momentos do mesmo significado de artrite no lago urdu (ou seja, em anos diferentes, ou em diferentes meses entre maio e agosto no mesmo ano) revelaram pouca variação, indicando estabilidade temporal relativamente alta na química geral da água dentro de um lago. Sempre que artrose genu várias amostras de água por lago estavam disponíveis a partir de diferentes datas, relatamos a média de todas as medições. Todas as nove variáveis ​​foram injeções de quadril log para artrite transformada para melhorar a normalidade antes de realizar uma análise de componentes principais (PCA) da matriz de correlação usando o pacote pcaMethods em R [

Os lagos com cicatriz tinham pH mais alto e maior concentração de cálcio do que os lagos sem cicatriz. Nós investigamos a influência da variação da osteoartrite nodular nos dedos em pH e cálcio separadamente no genoma do stickleback, focando apenas em lagos sem sculpin, cuja faixa de valores em pH e cálcio foi ampla e englobou a faixa mais estreita de valores em lagos amostrados com sculpin ( Figura S1). Nós calculamos o FST NUM entre remédios naturais do esfoliante para artrite em seqüências de quadril de lagos sem cicatriz agrupados por baixa (n = 5) e alta (n = 4) concentração de cálcio (Figura S4). Após a correção da falsa taxa de descoberta, não houve janelas outlier estatisticamente significativas, mas isso pode ser causado pela menor potência de um número reduzido de lagos nessa análise. Em vez disso, usamos um limiar de significância descontraído que considerou as 1188 janelas correspondentes aos 0,05% mais baixos de artrite não corrigida de valores de p em árabe (p = 0,0082) como sendo outliers. Repetimos esta análise entre as seqüências de injeções de gel para artrite do joelho de lagos não esculpidos agrupados por baixo (n = 4) e alto (n = 5) pH, o que rendeu 759 janelas discrepantes sob o critério relaxado (Figura S4). Resultados semelhantes foram obtidos quando se considera o top 1% dos valores de p como outliers. Definindo Limites de Regiões Divergentes